Egyben e meg­egye­zés nyi­tot­ta meg az utat a ki­sebb­sé­gi kér­dés benesi kon­cep­ció sze­rin­ti vég­ső meg­ol­dá­sa, ne­ve­ze­te­sen Cseh­szlo­vá­kia nem szláv la­ko­sa­i­nak ter­ve­zett tel­jes ki­te­le­pí­té­se előtt. Az et­ni­kai tisz­to­ga­tás­hoz va­ló hoz­zá­já­ru­lá­sért cse­ré­be Benes Kár­pát­al­já­nak a Szov­jet­uni­ó­hoz csa­to­lá­sát aján­lot­ta fel. Erő­sza­kos meg­ala­kí­tá­sa óta Cseh­szlo­vá­kia leg­sú­lyo­sabb prob­lé­má­ját je­len­tet­te, hogy a mes­ter­sé­ges ál­lam­ala­ku­lat lé­nye­ge­sen túl­ter­jesz­ke­dett a szlá­vok lak­ta te­rü­le­te­ken, s ha­tá­rai men­tén, anya­nem­ze­té­től el­sza­kít­va mint­egy 3,4 mil­lió né­met (27%) és 1 mil­lió ma­gyar (9%) élt. Az or­szág össz­la­kos­sá­gá­nak 45%-át ki­te­vő cse­hek és 14%-ot adó szlo­vá­kok együtt­élé­se is rend­kí­vül prob­le­ma­ti­ku­san ala­kult, hi­szen Prá­ga meg­ta­gad­ta Po­zsony au­to­nó­mia­kö­ve­te­lé­se­it. A szo­ci­á­lis prob­lé­má­kat kez­det­ben eny­hí­tet­te az 1919-es föld­re­form, mely­nek so­rán dön­tő­en a né­met és ma­gyar bir­to­ko­kat sa­já­tí­tot­tak ki, ám Prá­ga mind erő­sebb cse­he­sí­tő po­li­ti­ká­ja még azo­kat a szlo­vá­ko­kat és ru­té­no­kat is ki­jó­za­ní­tot­ta, akik kez­det­ben a ma­gyar ura­lom meg­szű­né­sé­re mint fel­sza­ba­du­lá­suk­ra te­kin­tet­tek.
Kez­det­től fog­va vi­lá­gos volt: Prá­ga ad­dig ma­rad­hat meg az 1919-es ha­tá­rai kö­zött, amíg Né­met­or­szág, Len­gyel­or­szág és Ma­gyar­or­szág túl gyen­ge ah­hoz, hogy az anya­or­szág­gal egye­sít­se a cseh ura­lom alatt élő nem­zet­ré­sze­it. Így a cseh­szlo­vák po­li­ti­kai ve­ze­tés­ben, fő­ként az 1935-ig a kül­ügy­mi­nisz­te­ri tisz­tet be­töl­tő, majd Masaryk ha­lá­la után köz­tár­sa­sá­gi el­nök­ké vá­lasz­tott Edu­árd Benesben, mind erő­seb­ben fo­gal­ma­zó­dott meg a nem szláv ki­sebb­sé­gek ki­te­le­pí­té­sé­nek igé­nye. E kon­cep­ció a cseh elit szá­má­ra sok­ko­ló 1938-as Szudéta-válsággal szi­lár­dult meg vég­le­ge­sen. Prá­ga kény­te­len volt ta­pasz­tal­ni, hogy pil­la­na­tok alatt szét­por­ladt az ál­lam le­gi­ti­má­ci­ó­ját ké­pe­ző cseh­szlo­vák mí­tosz, hi­szen a né­me­tek és ma­gya­rok mel­lett a szlo­vá­kok, a ru­té­nok és len­gye­lek sem kí­ván­tak azért az ál­la­mért ál­do­za­tot hoz­ni. Ez okoz­ta, hogy Eu­ró­pa egyik leg­erő­sebb had­se­re­ge, mely egy rend­kí­vül erős erőd­rend­szer­re tá­masz­kod­ha­tott, meg sem kí­sé­rel­te a fegy­ve­res el­len­ál­lást. Az 1938. szep­tem­ber vé­gén, az or­szág va­lu­ta és arany kész­le­té­nek je­len­tős ré­szé­vel Lon­don­ba tá­vo­zott cseh­szlo­vák emig­ráns kor­mány kez­det­ben a brit kor­mány, ezen be­lül is Chur­chill tá­mo­ga­tá­sát él­vez­te. En­nek egyik meg­ha­tá­ro­zó oka, hogy Lon­don há­bo­rús ki­adá­sa­it 1940 őszén már csak a me­ne­kült kor­má­nyok – cseh, bel­ga, stb. – va­gyo­ná­nak „köl­csön­vé­te­lé­vel” tud­ta fe­dez­ni.
Cseh­szlo­vá­kia 1939-es meg­szűn­te egé­szen 1941-ig hi­de­gen hagy­ta a Szov­jet­uni­ót. Leg­fon­to­sabb prob­lé­má­ja az volt, hogy a pil­se­ni Sko­da mű­vek­kel ko­ráb­ban meg­kö­tött fegy­ver­szál­lí­tá­si meg­ál­la­po­dá­so­kat ér­vé­nyes­nek te­kin­ti-e a bi­ro­dal­mi kor­mány. Sőt, Moszk­va ki­fe­je­zett meg­elé­ge­dett­sé­gé­nek adott han­got, ami­kor 1939. már­ci­us 15-én a Ma­gyar Hon­véd­ség csa­pa­tai be­vo­nul­tak Kár­pát­al­já­ra. (Sztá­lin tar­tott at­tól, hogy ha Kár­pát­al­ját Len­gyel­or­szág, vagy a Né­met Bi­ro­da­lom száll­ja meg, ak­kor on­nan meg­kí­sé­rel­he­tik az uk­rán nem­ze­ti ön­tu­dat élesz­té­sé­vel a Szov­jet­uni­ót des­ta­bi­li­zál­ni.)
Benes ke­mény lob­bi­zá­sá­nak kö­vet­kez­té­ben 1942 szep­tem­be­ré­ben a brit kor­mány el­vi­ek­ben el­is­mer­te a cseh­szlo­vák emig­ráns kor­mány azon jo­gát, hogy a szu­dé­ta­né­me­te­ket ki­te­le­pít­se. 1943. má­jus 12-én Roose­velt, egy hó­nap­pal ké­sőbb Bogomolov szov­jet kö­vet ad­ta elő­ze­tes ál­dá­sát az el­űzé­si ter­vek­re. Ar­ról, hogy ez a deportáció mi­ként va­ló­sul meg, ma­ga Benes sem ha­gyott két­sé­get, ami­kor 1943. ok­tó­ber 27-én úgy fo­gal­ma­zott: or­szá­gunk­ban a há­bo­rú vé­ge vér­rel lesz meg­ír­va.
A kol­lek­tív bű­nös­ség té­zi­sé­ből ki­in­du­ló 1945. au­gusz­tus 2-i, a má­ig hír­hedt, ál­lam­pol­gár­ság­ról szó­ló dek­ré­tum még a nem­ze­ti­szo­ci­a­liz­mus ül­dö­zöt­te­it és az ak­tív el­len­ál­ló­kat is kí­mé­let­le­nül súj­tot­ta. Pusz­tán annyi „ked­vez­ményt” adott ne­kik, hogy pél­dá­ul a fe­hér kar­sza­lag he­lyett vö­rö­set kel­lett vi­sel­ni­ük és né­hány bú­tor­ju­kat ma­guk­kal vi­het­ték a Bi­ro­da­lom­ba. Kü­lön tra­gi­kus fe­je­zetet ké­pez a cseh­szlo­vá­ki­ai zsi­dó­ság sor­sa, akik­nek túl­nyo­mó több­sé­ge ma­gát né­met­nek, il­let­ve ma­gyar­nak val­lot­ta, így 1945 má­ju­si fel­sza­ba­du­lá­su­kat kö­ve­tő­en leg­több­jük osz­toz­ni volt kény­te­len a töb­bi ki­te­le­pí­tett sor­sá­ban. Az ő be­szá­mo­ló­ik­ból tud­juk, hogy 1945 őszén is­mét „üzem­be helyezett” koncentrációs tá­bo­rok­ban, mint pél­dá­ul Theresienstadtban az SS-nél is ke­gyet­le­neb­bül bán­tak ve­lük a cseh őrök. Az 1946. má­jus 16-i kár­pót­lá­si tör­vény, il­let­ve az ezt sza­bá­lyo­zó szep­tem­ber 13-i bel­ügy­mi­nisz­te­ri ren­de­let csak a „meg­bíz­ha­tó­ak­nak” tar­tott zsi­dók va­gyo­ná­nak vis­­sza­adá­sát en­ge­dé­lyez­te. Már az is meg­bíz­ha­tat­lan­nak szá­mí­tott – s füg­get­le­nül, hogy ezt 1918 előtt, vagy 1938 után tet­te –, aki né­met vagy ma­gyar is­ko­lák lét­re­ho­zá­sát és fenn­tar­tá­sát tá­mo­gat­ta, vagy akár csak ma­gyar, vagy né­met al­kal­ma­zot­ta­kat fog­lal­koz­ta­tott.
Csak fel­té­te­le­zé­sek­kel ren­del­ke­zünk, hogy – a Pots­da­mi Ha­tá­ro­za­tok meg­fo­gal­ma­zá­sa sze­rint a „hu­má­nus és ren­de­zett ki­te­le­pí­tés” – hány ál­do­za­tot kö­ve­telt. A leg­in­kább el­fo­ga­dott ada­tok mint­egy 3.100.000 né­met és mint­egy 140.000 ma­gyar el­ül­dö­zé­sé­ről tu­dó­sí­ta­nak, s a becs­lé­sek sze­rint az 1945-öt kö­ve­tő pog­ro­mok­ban mint­egy 280.000-en ve­szí­tet­ték éle­tü­ket.